カードで支払い確認後引き抜く、その時直ぐにNavigoも取ってしまったと言うことですよね？

私も結構前ですが同じ事をしてしまいました。

係の人に、お金は払ったけどチャージ出来てないからどうすれば良いか聞いたら、もう１回買い直してと言われ、その時は急いでおりもう1度買いました。

後から返金請求しようと思っていたのですが、結局、後日口座を確認したところ１回分の支払いのみでした。

ただ、２回分引き落とされてからの返金ではありませんでしたので、今回の件と違うかもしれませんが、機械やシステムの機能が後退してるとは思いたくないので・・係の人が２日くらいで戻ると言ったのなら、(保証は出来兼ねますが)もしかしたら自然に返金されるかもしれませんよ。

参考になった