学生Visa（つまり、入国後の居住地のOFIIで有効化されただけ）で、まだ
本滞在許可証を持っていないという場合は、引越し先のPrefectureに行っても
元になる書類がないので意味がないと重います。
本来はリヨンのOFIIに電話して問合せをした方がいいように思いますが、ただし、
上記の学生visaの段階であって、この先滞在許可証申請をしないつもりならば
あえて住所変更をする必要もないように思います。
以前、地方で学生VISAを有効化した友人が、パリにスタージュのために３ヶ月間
移転滞在した時はそれで大丈夫と元々のOFIIに言われていました。

帰国とおっしゃっているのが本帰国のことでしたら、何も問題はありません。

ただし１つ気になるのはOFFIやPrefectureへではなく、税務署への住居移転届けを
しているかどうか、です。これは老婆心ながらですが。
学生でも今年１月１日時点でリヨンにお住まいだったとしたらリヨンでの住民税や
（あれば所得税）が発生します。昨年仕事をしていなくても学生であれば所得ゼロ
で申告しなければなりませんし（この場合は税金は減税あるいは免除される場合が
多いですが）、引っ越す前に税務署にどこへ引っ越すのか届け出る必要があります。

それは大丈夫でしょうか？
寮やホームステイ、または税務申告していない大家さんのアパートなどに住んだ場合は
別ですがそうでなければ日本まで住民税の支払いが追いかけてきますよ。
（収入ゼロでの申告をした場合は上記のように減税や免除がありえますが、まったく
申告しないと基本の税額が請求されます。）

参考になった